A 2008/2009. üzleti évben 7 785 715 darab, egyenként 1000 Ft névértékű, névre szóló törzsrészvény alkotta. A törzsrészvények a Budapesti Értéktőzsde „A” kategóriás részvényei között vannak jegyezve, és dematerializált formában léteznek.

1995 decembere óta 50,91%-os részesedéssel bír a társaságban a vállalat fő tulajdonosa, egyben stratégiai partnere a francia Servier. A több mint tíz éve tartó szoros együttműködés stabil tulajdonosi és vezetési hátteret biztosít a vállalat eredményes gazdasági tevékenységéhez.

A tulajdonosok további nagy csoportját a külföldi intézményi és magánbefektetők alkotják, együttesen 36,95%-os részesedéssel. Ez 0,35 százalékponttal nőtt az elmúlt évhez képest. Hasonló arányban csökkent a hazai befektetők tulajdonosi aránya, amely az üzleti év végén 12,14%-ot tett ki.

Az egyedi befektetők közül a FTIF Templeton Eastern Europe Fund és a Capital Group rendelkezik 5%-ot meghaladó részesedéssel, a többi nagyobb befektető részaránya 1-3% között mozog.

Az EGIS Nyrt. részvényesei

	Tulajdonos	A részvények száma 2009. szeptember 30-án	%
	ATP (Servier)	3 963 922	50,91
	Külföldi intézményi és magánbefektetők	2 876 410	36,95
	Magyar intézményi és magánbefektetők	945 383	12,14
	Összesen	7 785 715	100,00

ATP (Servier) 50,91% Külföldi intézményi és magánbefektetők 36,95% Magyar intézményi és magánbefektetők 12,14%